Фамилия Козюков образована от просторечной, уменьшительной формы крестильного имени Козьма (церковная форма — Косма). В основе лежит греческое слово «космос» — «мир, порядок, мироздание», которое в переносном смысле осмыслялось как «украшение». Имя было широко распространено на Руси, дав начало множеству фамилий: Кузьмин, Козьмин, Козюлин, Козюков.

Разбираем модель: фамилия Козюков — типичная русская патронимическая фамилия на -ов. Она отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Козюка». Суффикс -ук (как в формах Козюк, Казюк) характерен для западнорусских и украинских говоров, где он выполнял роль уменьшительного или обиходного суффикса. То есть Козюк — это «маленький Козьма» или просто домашнее, повседневное прозвище человека по имени Козьма. Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Святым покровителем имени считается преподобный Косма Маиумский, известный как творец церковных канонов. Однако в народном сознании имя чаще ассоциировалось со святыми Космой и Дамианом — бессребрениками и покровителями ремёсел, особенно кузнечного дела. Эта связь могла повлиять на прозвища, но в случае фамилии Козюков решающую роль сыграла именно форма имени, а не род занятий предка.

Фамилия сравнительно редкая. Её география тяготеет к южнорусским областям и Украине, где формы на -ук встречаются чаще, чем в северных регионах. Встречаются варианты написания через «а» — Казюков, что отражает акающее произношение. В некоторых говорах фамилию могли записать как Козюк — без суффикса -ов, по украинской модели (ср. Козюк и Козюков — как Грицюк и Грицюков).