Фамилия Козюпина — женская форма мужской фамилии Козюпин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: с помощью суффикса -ин, который крепится к основе на -а или -я. В данном случае основа — прозвище Козюпа. Вопрос в том, что именно означало это прозвище.

Самое прямое объяснение лежит на поверхности: диалектное слово «козюпа» или «козюля». В разных русских говорах так называли змею, ужа, а также ящерицу или даже сороконожку. В переносном смысле прозвище Козюпа могли дать человеку с нелюдимым, «скользким» характером, либо тому, кто, по народному поверью, был «живучим» или имел отношение к знахарству. Однако есть и менее очевидная версия: в некоторых областях «козюпой» называли нечистого на руку человека, вора. Так что предок мог получить фамилию не за внешнее сходство с пресмыкающимся, а за определённые черты поведения.

Менее вероятно, но возможно, что исходное слово — «козюпа» как вариант «козюля» (от «коза»). В этом случае прозвище могло относиться к козопасу или человеку, державшему коз. Но такое толкование встречается реже: прозвища, образованные от названий животных, чаще давали по сходству характера, а не по роду занятий.

Географически фамилия Козюпин (и Козюпина) встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южнорусским областям, а также к Поволжью. Встречается она и на Украине, где «козюпа» — тоже известное диалектное слово. Это указывает на то, что фамилия не столичная и не дворянская, а скорее крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвища были живы и понятны.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Козюпин стоит в одном ряду с Козюлиным, Козявкиным, Козюкиным. Все они образованы от прозвищ, связанных с мелкой живностью или неприятными чертами характера. Суффикс -ин чётко указывает, что родоначальника звали Козюпа, а его потомки стали Козюпиными. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких локальных ветвей, разошедшихся по стране за последние два-три века.