Фамилия Крапалин — одна из тех, где при кажущейся прозрачности корня скрывается несколько возможных путей происхождения. Если не углубляться в альтернативы, то первое, что приходит в голову — связь с глаголом «крапать» (моросить, капать редко и мелкими каплями). Прозвище Крапаля могли дать человеку не по погоде, а по характеру или внешности: например, медлительному, нудному, «капающему на мозги», либо тому, кто ходил в мелкую крапинку — в веснушках. В северных и сибирских говорах «крапать» означало также «шить на живую нитку, намётывать», так что Крапалём могли прозвать портного или скорняка, работавшего начерно.

Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Крапалин). Это типичный «патроним» от прозвища или нецерковного имени Крапаля. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Крапа́лин, хотя в некоторых регионах могли произносить с ударением на первый слог, что сближало бы фамилию с диалектным «крапаль» (пестрый, рябой). В словаре Б. Унбегауна фамилия не разбирается отдельно, но по аналогии с Крапивин, Крапильщиков её относят к группе фамилий от прозвищ, связанных с ремеслом или внешностью.

Есть и более редкая версия — от слова «крап» (карточная масть или отметина на игральных костях). В этом случае родоначальник мог быть шулером, изготовителем карт или просто азартным человеком, которого за глаза дразнили Крапалём. Однако эта гипотеза менее правдоподобна: прозвища от карточных терминов встречаются реже, а суффикс -ин в таких случаях обычно крепится к основе без дополнительного -ал- (ср. Крапов, Крапцов).

Географически фамилия Крапалин не привязана к одной области — её носители встречаются в Вятской, Пермской и Костромской губерниях, что косвенно подтверждает связь с северными говорами, где «крапать» бытовало в значении «брызгать» и «делать наспех». Встречается и вариант Крапалёв (с суффиксом -ев), но он редок и мог возникнуть под влиянием южнорусской акающей традиции. Если ваши предки — Крапалины, скорее всего, они происходят из крестьянской или ремесленной среды, а фамилия закрепилась за ними в XVI–XVII веках при переписях, когда прозвище отца переходило к детям без изменений.