Фамилия Крапчетов — редкий случай, когда основа прозвища почти полностью вытеснила в сознании носителей исходный смысл. В её основе лежит не имя и не профессия, а глагол «крапчить» или прилагательное «крапчатый». В старых говорах «крапчить» означало «делать крап», то есть наносить мелкие пятна, крапины. «Крапчатый» — это рябой, испещрённый точками. Прозвище Крапчетый могли дать человеку со следами оспы на лице — в те времена это была самая распространённая причина для таких имён, наравне с Рябовым и Щербатым.

Суффикс -ов в конце указывает на стандартную модель образования русских фамилий в XVI–XVII веках: сын Крапчетого стал Крапчетовым. Форма «Крапчетов» закрепилась, хотя исходное прозвище звучало как «Крапчетый» — с окончанием прилагательного. Такое смешение типично: фамилии на -ов нередко «стягивали» полную форму прозвища, отбрасывая окончание -ой/-ый.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В северных и сибирских говорах «крапчиком» называли не только пятнистого зверя (например, пеструшку), но и мелкую монету с неровным чеканом, а также человека, который «крапит» — работает урывками, непостоянно. Если прозвище пошло от такого значения, то первый Крапчетов мог быть либо охотником на рябчика, либо ремесленником, чья работа выглядела «пятнистой» — кузнец, наносящий узор на металл, или портной, ставящий заплаты.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. В дореволюционных переписях Крапчетовы встречаются в Тульской, Рязанской и Тамбовской губерниях — регионах, где оспа была обычным делом, а прозвища по внешности давали без обиняков. В отличие от фамилий Крапивин (от растения) или Краповицкий (от польского «kropka» — точка), Крапчетов прямо указывает на внешность или манеру поведения предка, без географической или этнической примеси.

Сейчас фамилия остаётся малочисленной. Её носители, скорее всего, потомки однодворцев или государственных крестьян, а не дворян: фамилии с такой прозрачной «дефектной» основой редко встречались в высших сословиях.