Фамилия Крашанинин на первый взгляд кажется громоздкой и редкой, но её устройство прозрачно. В основе лежит слово «крашенин(а)» — так в северных и сибирских говорах называли крашенину, то есть домотканый, окрашенный в один цвет холст. Человек, который занимался окрашиванием ткани, мог получить прозвище Крашенина, а его потомок становился Крашанининым. Суффикс «-инин» здесь работает по той же модели, что и в фамилиях Дружинин, Бородин, Гвоздинин: он присоединяется к основе на «-а» или «-я» и указывает на принадлежность («сын Крашенины»). Форма «Крашанинин» вместо ожидаемого «Крашенинин» — результат аканья: в безударной позиции «е» перешло в «а», что закрепилось на письме.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Уралу. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Крашенина в Вятском и Пермском краях — регионах, где было развито домашнее ткачество и кустарное крашение. В отличие от фамилий на «-ов» (Крашенинов), которые могли возникнуть в центральных областях, вариант на «-инин» характерен для северорусской традиции: он чаще образовывался от прозвищ, а не от крестильных имён.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и без прямого ремесла. В архангельских говорах «крашенина» иногда называли не только ткань, но и самого красильщика — по принципу переноса названия продукта на мастера. Поэтому предок-Крашанинин мог быть как ремесленником, так и человеком, получившим прозвище за любовь к яркой, крашеной одежде.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Крашенинников, Крашенинов, Крашенинин — показывает, что Крашанинин стоит особняком. В ней нет двойного суффикса «-ников» (как у Крашенинникова, указывающего на профессию) и нет типичного для центральных областей «-ов». Это редкий случай, когда аканье и северный суффикс «-инин» совпали, создав форму, по которой можно без словаря определить регион происхождения рода.