Фамилия Красильникова — одна из тех, что прямо указывает на род занятий предка. Её основа — прозвище Красильник, которое в старину давали человеку, чья работа была связана с краской. Чаще всего так называли мастера, который красил пряжу или холсты: это был важный и трудоёмкий этап в производстве тканей. Суффикс -ник в прозвище — типичный признак «профессионального» именования, он встречается у множества ремесленных фамилий (Скорняков, Стекольников, Свечников).

Однако значение могло быть и шире. Красильником называли не только красильщика тканей, но и маляра, а в XIX веке это прозвище прочно закрепилось за теми, кто занимался малярными работами. Есть и более редкая версия: в северокавказских говорах словом «красило» обозначали румяна или губную помаду. Исходя из этого, Красильником могли прозвать торговца или изготовителя косметических средств. Эта гипотеза менее распространена, но лингвистически вполне состоятельна: диалектная лексика нередко становилась источником прозвищ.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -ник плюс патронимический суффикс -ов. Форма Красильникова — женский вариант, указывающий на принадлежность к роду Красильниковых. Мужская версия, Красильников, фиксируется в документах с XVIII века. Один из ранних известных носителей — Андрей Дмитриевич Красильников (1705–1773), русский астроном, составивший первый учебник по астрономии на русском языке и рассчитавший протяжённость России от Камчатки до острова Даго с ошибкой всего около пяти минут.

Таким образом, фамилия Красильникова хранит память о ремесле — скорее всего, о красильном или малярном деле, которым занимался далёкий предок.