Фамилия Красненьков — один из тех случаев в русской ономастике, когда суффикс говорит о происхождении больше, чем корень. Привычная модель «прилагательное + -ов» здесь не работает: в основе лежит не прилагательное «красный», а прозвище Красненько, которое образовано с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -еньк-.

Слово «красный» в древнерусском языке имело два главных значения: цвет (алый) и качество (красивый, хороший, парадный). Прозвище Красненько могли дать либо человеку с румяным лицом, либо тому, кто носил яркую одежду, либо — что вероятнее в крестьянской среде — младшему сыну или подростку, которого ласково называли «красненький» за приятную внешность. Суффикс -еньк- в прозвищах XVI–XVII веков часто выполнял не только уменьшительную, но и фамильярную функцию, указывая на молодость или невысокий социальный статус носителя.

Фамилия Красненьков — патронимическая, то есть отвечает на вопрос «чей сын?»: сын Красненьки. Формант -ов стандартно присоединялся к основам на твёрдый согласный. В документах XVII–XVIII веков эта фамилия встречается почти исключительно в южнорусских и западнорусских землях — на территории современной Брянской, Смоленской, Калужской областей и в Беларуси. В северных регионах и в Сибири она редка, что косвенно подтверждает её происхождение из зоны, где были сильны украинские и белорусские диалектные влияния.

Существует версия, что Красненьков — это упрощённая форма фамилии Краснощёков или Краснобровов, но она не выдерживает критики: модель с суффиксом -еньк- самостоятельна и хорошо документирована. В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования (Беленьков, Черненьков, Синеньков) описаны как типичные для юго-западной России, где ласкательные прозвища легче переходили в фамилии, чем в центральных уездах.

Сословная принадлежность первых Красненьковых — почти наверняка крестьянство или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» нет, а в купеческих гильдиях она не отмечена. Это не делает её менее интересной: напротив, Красненьков — типичный пример того, как фамилия сохранила в себе живую разговорную речь, где человека называли не по отцу и не по профессии, а по тому, каким его видели окружающие — «красненьким», то есть миловидным или румяным.