Фамилия Красночубенко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко, характерный для Поднепровья, Слобожанщины и южных регионов. В XVII–XIX веках этот суффикс означал «сын» или «потомок», поэтому фамилия буквально читается как «сын Красночуба».

Основа фамилии — прозвище Красный Чуб (или Красночуб). «Чуб» — это длинная прядь волос, которую традиционно носили запорожские казаки, оставляя выбритую голову. Определение «красный» в прозвищах той эпохи чаще относилось к цвету волос (рыжий, огненно-рыжий), реже — к яркой одежде или красному головному убору. Так что предок, скорее всего, выделялся огненно-рыжим чубом, что и закрепилось в имени.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые фиксировали принадлежность помещику или отцу, модель на -енко долго оставалась полуфамилией: ею называли человека в быту, но официально она могла не писаться в метриках. Это значит, что род Красночубенко — не из шляхты или духовенства, а из казацкой или крестьянской среды, где прозвища передавались детям.

Встречается фамилия преимущественно в центральной и восточной Украине (Черкасская, Полтавская, Харьковская области), а также в русско-украинском пограничье — на Кубани и в Ростовской области, куда переселялись запорожцы после ликвидации Сечи в 1775 году.

Интересная деталь: в русских переписях XIX века фамилию иногда записывали на слух как Красночубенков — с русифицированным окончанием -ов. Но исходная форма на -енко сохранилась и сегодня остается маркером именно украинского корня.