Фамилия Краснояйко — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует расшифровки. «Красное яйцо» — так могли назвать человека за рыжий цвет волос, за яркий румянец или за любовь к нарядной, «красной» одежде. В русских говорах «красный» издавна означало не только цвет, но и «красивый, хороший, парадный». Поэтому Краснояйко — это не про пасхальный символ, а про внешность или характер: «красивый как яйцо» (гладкий, румяный) либо просто обладатель рыжей головы, которую в шутку сравнивали с куриным яйцом.

Словообразовательная модель сразу выдаёт украинские корни. Суффикс -к-о (-йк-о) — типичный для украинских фамилий, образованных от прозвищ: он придаёт уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. В русской ономастике такие формы редки, а вот на Левобережной Украине, особенно в Черниговской и Полтавской губерниях, фамилии на -ко (Бондаренко, Ковалько) встречаются сплошь и рядом. Краснояйко, скорее всего, закрепилась именно там, а затем вместе с носителями могла распространиться на юг России и в Сибирь.

В отличие от более очевидных «цветных» фамилий (Краснов, Чернов), Краснояйко сохраняет прямую связь с конкретным предметом — яйцом. Это указывает на бытовое, неофициальное происхождение: прозвище давали в крестьянской или казачьей среде, где сравнение с яйцом было понятным и наглядным. В письменных источниках XIX века такие фамилии почти не фиксировались из-за своей «неблагозвучности» для чиновников, но в устном обиходе они жили.

Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что неудивительно: она оставалась уделом простых людей. Однако в современных телефонных справочниках и базах данных Краснояйко встречается — в основном в Украине и в южных областях России (Краснодарский край, Ростовская область). Носители фамилии нередко отмечают, что их предки были либо рыжими, либо имели прозвище, связанное с яйцами: например, торговец яйцами или человек с круглой головой. Но первая версия — цвет волос — всё же правдоподобнее: в народе редко давали прозвище по профессии, если она не была главным занятием, а вот внешность замечали сразу.