Фамилия Кратофиль — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и при первом взгляде кажется, что корни у неё нерусские. Однако при разборе выясняется, что перед нами, скорее всего, искусственная или семинарская фамилия, каких много давали в духовных училищах и академиях Российской империи в XVIII–XIX веках.

Ключ к разгадке — вторая часть, «-филь». Это калька с греческого «philos» (φίλος) — «любящий, друг». Первая часть «крато-» восходит к греческому «kratos» (κράτος) — «сила, власть, могущество». В сумме Кратофиль — «любящий власть» или «друг силы». Такие составные фамилии из двух греческих корней — характерный приём семинарской традиции: будущим священникам часто придумывали звучные, книжные фамилии, которые должны были отражать добродетели или понятия из богословия. Сравните: Филаретов (любящий добродетель), Феофилов (любящий Бога), Доброхотов.

Если версия с семинарским происхождением верна, то предок-носитель фамилии Кратофиль был, скорее всего, выходцем из духовного сословия — сыном священника, дьякона или псаломщика, получившим фамилию при поступлении в училище. В быту такую фамилию могли дать и за характер — властному, строгому ученику или наставнику. Менее вероятная, но не исключённая версия — польское или белорусское происхождение, где «kratofil» могло быть прозвищем от сложения слов «kratka» (решётка) и «fil» (слоник), но это выглядит натяжкой и не подтверждается словарями.

Важно: фамилия не имеет отношения к слову «крот» или «краткий». Суффикс отсутствует — перед нами чистая основа, образованная сложением корней. Носителей фамилии Кратофиль в России немного, она встречается точечно, чаще в центральных регионах и на юге, что косвенно подтверждает её «книжное», а не крестьянское происхождение (крестьянские фамилии на -филь практически не встречаются).