Фамилия Кратофил — редкий случай в русском ономастиконе, который почти наверняка не имеет славянских корней. Если отбросить версию случайного искажения при переписи (что маловероятно для такой нехарактерной формы), то перед нами — фамилия искусственного или книжного происхождения, и её основа лежит в греческом языке.

Разбираем слово. Первая часть, «крато-», восходит к греческому κράτος (kratos) — «сила», «власть», «могущество». Вторая часть, «-фил», от φίλος (philos) — «друг», «любящий». В сумме «Кратофил» означает «любящий власть» или «друг силы». Такие сложные слова с греческими корнями были в ходу у русской интеллигенции и духовенства в XVIII–XIX веках, когда семинаристам и выпускникам академий давали «говорящие» фамилии, переведённые с латыни или греческого. В отличие от крестьянских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Кратофил — это сознательное конструирование, похожее на фамилии типа Философов, Добролюбов или Миротворцев.

Вторая, более прозаичная версия — что фамилия могла возникнуть как русификация иностранной. Например, от немецкой фамилии Kratofil или польской Kratofil, которые, в свою очередь, тоже могли быть семинарскими. В этом случае носитель мог быть потомком выходца из Речи Посполитой или немецких колонистов, чью фамилию адаптировали под русское произношение, но без добавления типичных суффиксов -ов или -ин. Отсутствие этих суффиксов — ключевая деталь: Кратофил стоит в «чистой» форме, как заимствованное слово, что указывает на позднее и, скорее всего, книжное происхождение.

С географией сложно: фамилия настолько редкая, что не привязана к одному региону. Встречается точечно, единичными семьями, что подтверждает её не массовое, а индивидуальное происхождение. Сословно носители, скорее всего, относились к духовенству или разночинцам — людям, получившим образование и способным придумать или принести такую фамилию в русский быт. Крестьянских корней у «Кратофила» нет: слишком сложная и неестественная для деревенского прозвища конструкция.

Если резюмировать: ваши предки, носившие фамилию Кратофил, с высокой вероятностью были людьми грамотными — священниками, учителями, семинаристами, которые либо сами взяли себе «говорящую» фамилию по окончании училища, либо унаследовали её от отца-священника. Значение «любящий власть» или «друг силы» могло быть и шутливым прозвищем, и отражением амбиций, и простым переводом латинского аналога. Однозначного ответа без генеалогического поиска нет, но направление ясное: искать надо в метрических книгах духовных учебных заведений XIX века.