Фамилия Кратинов — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а греческая, и попала в русский язык через церковную или учёную среду. В отличие от большинства фамилий на -ов, образованных от крестьянских прозвищ или мирских имён, Кратинов происходит от слова, которое в России никогда не было бытовым.

Вероятнее всего, в основе лежит древнегреческое κράτος (кратос) — «сила», «власть», «могущество». От этого корня образовано множество слов: демократия, аристократия, теократия, а также имя Кратин (Κρατίνος). Так звали знаменитого древнегреческого комедиографа V века до н. э., соперника Аристофана. В России имя Кратин могло попасть в святцы или стать семинарским — искусственным прозвищем, которое давали ученикам духовных училищ за успехи или просто «для красоты». Семинаристы часто получали фамилии по античным героям, философам, поэтам или по латинским и греческим корням. Так Кратинов мог появиться у сына священника или у выпускника академии, которому наставник присвоил звучную фамилию.

Суффикс -ов стандартный: он указывает на принадлежность («сын Кратина»). Если бы фамилия была образована от русского прозвища, мы бы искали корень в диалектах. Но в русских говорах слова «кратин» или «крат» в значении «сильный» не зафиксировано — это лишний аргумент в пользу книжного, заимствованного происхождения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Крат, которое могло означать короткого человека (от древнерусского «кратъкъ»). Однако в таком случае естественнее была бы форма Кратков или Краткин. Фамилия Кратинов с ударением на второй слог (Кра́тинов) решительно выбивается из этой модели.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, Кратиновы живут в основном в центральной России и в Поволжье, что косвенно подтверждает гипотезу о семинарском происхождении: духовные учебные заведения XIX века были распространены именно в этих регионах. Носители фамилии — почти наверняка потомки людей, имевших отношение к церкви или образованию, а не к крестьянскому или ремесленному сословию.