Фамилия Кратин — один из тех случаев, где короткая форма скрывает неочевидную историю. На первый взгляд, перед нами типичная модель с суффиксом -ин, указывающая на принадлежность: «чей?» — Кратин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Крата. Но вот с основой сложнее: в русском языке слово «крата» не встречается ни в значении имени, ни в значении предмета.

Самая правдоподобная версия ведёт к греческому корню. В древнегреческом «кратос» (κράτος) — сила, власть, могущество. Отсюда множество имён: Сократ (буквально «спасительная сила»), Иппократ, Аристократ. В русской традиции такие имена могли сокращать до обиходных форм — Сократ превращался в Сократа, а Аристократ — в Ариста или Крата. Фамилия Кратин могла возникнуть как отчество от подобного усечённого имени Крата — греческого по происхождению, но вполне освоенного в православной среде. Косвенно эту версию поддерживает и географическая привязка: фамилия встречается в южнорусских и украинских регионах, где греческое влияние через церковные имена было особенно сильным.

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным словом «крата» — так в некоторых говорах называли крота или коротышку. В этом случае прозвище Крата давали либо человеку маленького роста, либо, по аналогии с животным, тому, кто «роется» в земле или ведёт скрытный образ жизни. Однако такая версия слабее: слово «крата» в значении «крот» не зафиксировано в литературном языке и встречается лишь в единичных говорах, а фамилия Кратин не имеет выраженного «земледельческого» или «зооморфного» ареала.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. Если бы основой было имя Крот (от животного), мы бы получили Кротин. Если бы прозвище Крат (краткий) — Кратов. Суффикс -ин здесь чётко указывает на основу на -а: Крат-а → Крат-ин. Это дополнительный аргумент в пользу того, что исходным было именно личное имя или прозвище Крата, а не существительное мужского рода.

В дореволюционных источниках фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан центральных и южных губерний. Дворянских родов Кратиных не зафиксировано — фамилия оставалась в непривилегированных сословиях, что типично для отчеств от обиходных форм канонических имён.