Фамилия Крайненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко. Этот суффикс, самый массовый в украинской ономастике, изначально означал «сын» или «потомок»: Крайненко — буквально «сын Крайнего». Такие фамилии закрепились в Поднепровье и на Левобережной Украине в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне переходили от прозвищ к наследственным именованиям.

Основа фамилии — прилагательное «крайний». В восточнославянской традиции так могли называть человека, жившего на краю села, на границе земельного надела или на окраине какой-либо территории. Прозвище Крайний давали и тому, кто сидел с краю за столом или в ряду — на промысле, в артели, на сходе. Впрочем, у слова «край» был и переносный смысл: «крайний человек» — последний по достатку или положению, бедняк. Вряд ли это прозвище звучало обидно: в крестьянской среде такие «адресные» именования были нейтральными и практичными.

Важная деталь — фамилия Крайненко не путается с более распространёнными Крайнов и Крайнев. Суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение, тогда как -ов/-ев — на великорусское. Встречается фамилия преимущественно в центральных и восточных областях Украины, реже — на Кубани и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XIX веке.

Иногда в основе видят не прозвище, а топоним: село Крайнее или Крайнево на Украине есть в нескольких областях. Тогда Крайненко — «выходец из Крайнего». Но для фамилий на -енко такая модель менее типична: они обычно образовывались от личных прозвищ, а не от названий мест. Первая версия — от прозвища по месту жительства — остаётся основной и наиболее правдоподобной.