Фамилия Крайнюк образована от прозвища Крайний. В основе лежит прилагательное «крайний». Чаще всего так называли человека, который жил на краю деревни — в последнем доме или на отшибе. Такое местоположение могло указывать и на бедность: участки на краю села доставались не самым зажиточным крестьянам.

Суффикс -юк в фамилии Крайнюк типичен для украинской и белорусской ономастики. Он выполнял роль уменьшительного или патронимического показателя, то есть буквально означал «маленький Крайний» или «сын Крайнего». Это одна из характерных черт, отличающая фамилию от русских аналогов с суффиксами -ов или -ин: Крайнев, Крайнов.

Прозвище Крайний могло закрепиться и за человеком с решительным, отчаянным нравом — «крайним» в смысле готовности идти до конца. В крестьянской среде такое прозвище нередко давали тому, кто не боялся рисковать или брал на себя ответственность в сложных ситуациях.

Географически фамилия Крайнюк чаще всего встречается на юго-западе России, а также в восточных областях Украины. Это связано с тем, что модель с суффиксом -юк наиболее распространена именно в этих регионах. Встречаются и варианты написания — Крайнюк, Крайнюк, но основной остаётся форма с буквой «ю».

В официальных документах прозвище Крайний со временем полностью заменило наследственное имя, и потомки человека с таким прозвищем получили фамилию Крайнюк. Среди носителей фамилии встречались крестьяне, казаки, мещане — сословная принадлежность зависела от региона и времени.