В основе фамилии Крайников лежит прозвище Крайник. Его смысл напрямую связан со словом «край»: так в старину называли человека, который жил на краю деревни или села. Место с краю считалось не самым почётным — в народе говорили: «Чин чина почитай, а меньшой садись на край». Однако у этого же слова было и другое, южнорусское значение: Крайником могли назвать коренного жителя, туземца, то есть местного поселенца.

Прозвище Крайник было распространено в разных говорах и закреплялось за человеком как обиходное именование. Со временем оно перешло в фамилию по стандартной модели: к основе на согласный добавили суффикс -ов, который в русской ономастике указывал на принадлежность — «сын Крайника» или «из рода Крайников». Таким образом, фамилия Крайников означает «потомок Крайника».

В отличие от фамилий на -ский, которые часто получали дворяне по названиям имений, Крайников — типичная «географическая» фамилия, образованная от прозвища по месту жительства. Такие фамилии встречаются по всей России, но особенно часто — в регионах, где сохранялись архаичные говоры: на Севере, в Поволжье и на Урале.