Фамилия Крестьянина — это женская форма, образованная от мужской фамилии Крестьянин. В русской ономастике такие варианты возникали естественным путём, когда женщину называли по мужу или отцу: «жена Крестьянина» или «дочь Крестьянина». Чаще всего это указывает на то, что носительница фамилии — потомок человека, которого в документах записали как Крестьянин.

Основа фамилии прозрачна: слово «крестьянин» — земледелец, сельский житель, принадлежащий к податному сословию. В Древней Руси так называли не всех, кто работал на земле, а лишь тех, кто нёс повинности в пользу государства или помещика. Однако фамилия Крестьянин могла возникнуть не из сословной принадлежности, а из прозвища. В XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись, прозвище «Крестьянин» давали человеку, который вёл крестьянский образ жизни, был прост и трудолюбив, или же, напротив, переехал из деревни в город и получил такое прозвище от горожан.

Интересная деталь: фамилия Крестьянин (и её женская форма) встречается не только в великорусских губерниях, но и на севере, в Поморье, где крестьянство было лично свободным. Там прозвище могло нести иной смысл — обозначать «своего», коренного жителя, противопоставленного пришлым посадским или служилым людям. В некоторых говорах слово «крестьянин» имело оттенок «хозяин, домовладелец», что тоже могло стать основой для фамилии.

Суффикс -а в окончании указывает на принадлежность, но не на происхождение отчества — в отличие от форм на -ова/-ева, которые типичны для большинства русских фамилий. Форма Крестьянина встречается реже, чем Крестьянинов, и это делает её более локальной: такие варианты чаще фиксировались в переписях центральных и северных регионов, где сохранялась архаичная модель именования женщин.

Спорных версий у этой фамилии почти нет — корень слишком ясен. Но стоит помнить, что в редких случаях фамилия могла быть искусственной, данной семинаристам при поступлении в духовное училище: «Крестьянин» как символ смирения и близости к простому народу. Однако это скорее исключение: массово такие фамилии давали от названий церковных праздников или святых, а не от сословий.