Фамилия Крестьянин — один из тех редких случаев, когда носитель фамилии может с высокой вероятностью определить её смысл без словаря. Прямое значение — «земледелец, сельский житель». Но за этой прозрачностью скрывается неочевидная история: фамилия не могла возникнуть в крестьянской среде. Крестьяне в России до отмены крепостного права не имели фамилий в современном понимании — их записывали по отцу или по прозвищу, а официальные фамилии получили массово только после реформы 1861 года. Поэтому человек по прозвищу Крестьянин — это, скорее всего, либо представитель другого сословия (купец, мещанин, однодворец), которого так дразнили за связь с землёй или простые манеры, либо, что вероятнее, выходец из духовенства.

В среде священников и семинаристов в XVIII–XIX веках была распространена практика давать «искусственные» фамилии — по названиям церковных праздников, по имени святого, по географическому названию или по социальному статусу. Семинарист мог получить фамилию Крестьянин просто как «земледельческий» вариант — по аналогии с фамилияями Земледельцев, Пахарёв, Селянин. В этом случае фамилия не отражала реального занятия предка, а была результатом канцелярской или учительской фантазии.

Словообразовательная модель проста: основа «крестьян-» (от древнерусского «крестьянин» — христианин, со временем ставшее обозначением земледельца) и нулевой суффикс. Фамилия не имеет патронимического суффикса (-ов, -ин), что для русских фамилий редкость. Обычно такую форму получали либо прозвища, перешедшие в фамилии без изменений, либо очень поздние образования, когда принцип «сын такого-то» уже не был обязателен. Встречаются и варианты с суффиксами — Крестьянинов, Крестьянский, но именно форма Крестьянин — самая прямая и редкая.

Географически фамилия разбросана по всей России, но заметно чаще встречается в северных и центральных губерниях — Архангельской, Вологодской, Костромской, Ярославской. Это косвенно подтверждает версию о семинарском происхождении: именно там были сильны духовные училища, где практиковали «говорящие» фамилии. В южных и западных регионах фамилия почти не фиксируется.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с прозвищем Крест — якобы предок носил крест или был крещёным. Но это натяжка: слово «крестьянин» исторически связано с «крест» через значение «христианин», но прозвище Крест давало бы фамилию Крестов или Крестников, а не Крестьянин. Более правдоподобна версия, что фамилию получил человек, который в документах был записан просто как «крестьянин» (без имени и отчества) — так могли обозначать беглого или ссыльного, чья сословная принадлежность была единственным, что о нём знали. Но это скорее исключение, чем правило.