Фамилия Крестьянских стоит в ряду так называемых «семейных» фамилий на -их/-ых, характерных для северных и северо-восточных областей России, а также для Сибири. В Воронежской, Курской, Архангельской областях и в Зауралье такие фамилии — Крестьянских, Дворянских, Боярских — не редкость. Формант -их/-ых указывает на принадлежность целому роду или дому: Крестьянских — «из семьи Крестьянских», «дети Крестьянина». Если бы фамилия оформилась в центральной или южной России, она, скорее всего, звучала бы как Крестьянинов или Крестьянин.

Основа фамилии — слово «крестьянин», но не в привычном нам значении «земледелец, сельский труженик». В древнерусском языке «крестьянин» (от «христианин») обозначало любого православного человека, в отличие от «поганого» — язычника или иноверца. Лишь после закрепощения в XVII–XVIII веках слово сузилось до социального статуса. Поэтому первый носитель прозвища Крестьянин мог быть вовсе не крепостным, а, например, человеком, выделявшимся благочестием, или пришлым из других земель, которого местные называли «христианином» в противовес «басурманам».

Встречается и бытовая версия происхождения: прозвище могли дать зажиточному земледельцу, который не принадлежал к дворянству, но владел хозяйством. В документах XVI–XVII веков такое прозвище фиксируется: в переписных книгах встречаются крестьяне с именем Крестьянин, от которого и пошла фамилия. Однако фамилия в форме Крестьянских — более поздняя, она возникла не раньше конца XVII века, когда на Русском Севере и в Приуралье окончательно сложилась модель фамилий на -их/-ых.

Стоит отметить, что фамилия не говорит о низком происхождении предка. В сословном обществе прозвище «Крестьянин» мог получить и человек, чьи дети позже выбились в купцы или духовенство. Сама форма на -их/-ых в XIX веке воспринималась как простонародная, но в XX веке стала восприниматься как одна из самых архаичных и колоритных русских фамилий.