Фамилия Крестьян — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а социальный статус, причём оформленный нестандартным способом. Вопреки ожиданию, она не происходит напрямую от слова «крестьянин» с типичными суффиксами -ов или -ин. Вместо этого мы видим усечённую форму — «крестьян» как корень, к которому не добавили фамильного окончания. Это характерно для фамилий так называемого «украинского» или «белорусского» типа, где притяжательность передаётся просто основой: Крестьян, а не Крестьянов или Крестьянин. Такую модель нередко встречали у выходцев из юго-западных губерний Российской империи.

Значение фамилии прозрачно: предок носителя был крестьянином. Но ономасиологи спорят, могло ли это быть официальным прозвищем, данным в ревизских сказках или переписях, или же фамилию зафиксировали как «самоназвание» человека, который хотел подчеркнуть свою принадлежность к сословию в эпоху, когда фамилии только закреплялись. Есть и другая, менее вероятная версия: что Крестьян — это искажённое личное имя Кристиан (через польское Krystian), адаптированное под русское звучание. Однако эта гипотеза слабая, так как имя Кристиан в крестьянской среде почти не встречалось, а связь с сословным словом лежит на поверхности.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где суффиксальная модель «голая основа» была распространена шире. Встречается она редко, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: если вы носите фамилию Крестьян, ваши предки с большой вероятностью были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по своему положению, а не по имени отца или ремеслу.