Фамилия Крестьяниновы (и её мужская форма Крестьянинов) образована от прозвища Крестьянин. Казалось бы, всё лежит на поверхности: предок был землепашцем, и фамилия говорит сама за себя. Однако ономастика часто подкидывает ловушки. В данном случае прямой ход — «сын крестьянина» — маловероятен. Большинство крестьян в России, особенно до отмены крепостного права, не имели фамилий вовсе, а их дети получали прозвища по отцу, а не по сословной принадлежности. Скорее всего, прозвище Крестьянин получил человек, который работал на крестьянина — батрак, наёмный работник у зажиточного земледельца. Такая модель словообразования (прозвище по роду занятий хозяина или по социальной роли) встречается в русских фамилиях часто: ср. Попов (не сын попа, а работник у попа), Князев (работник у князя).

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Крестьянинов, то есть сын или потомок Крестьянина. Форма множественного числа Крестьяниновы в быту закрепилась для обозначения всего рода.

Любопытно, что само слово «крестьянин» в древнерусском языке первоначально означало «христианин» (от греческого christianos), и лишь позднее, в XV–XVI веках, стало обозначать земледельческое сословие. То есть в основе прозвища мог лежать не социальный, а религиозный оттенок: так могли назвать человека, выделявшегося своим благочестием или принявшего крещение. Однако для фамилии Крестьянинов эта версия менее правдоподобна, так как большинство русских фамилий с корнем -крестьян- сложились уже после того, как слово окончательно закрепилось в значении «землепашец».

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс её становления шёл несколько столетий, с XVI по XIX век. Можно лишь утверждать, что фамилия бытовала в центральных и северных губерниях России, где были распространены земледельческие прозвища. Встречаются также однокоренные варианты: Крестьяниновский, Крестьянкин — но Крестьянинов остаётся самым частым и прямым по смыслу.