Фамилия Крестьянишина — женская форма фамилии Крестьянишин, и её происхождение напрямую связано с социальным статусом предка. В основе лежит слово «крестьянин», но не в современном обобщённом значении, а в древнерусском, где так называли свободного земледельца, общинника. Однако интерес представляет не столько основа, сколько суффикс. Фамилии на -ишин (-ышин) встречаются реже, чем на -ов или -ин, и обычно указывают на принадлежность через отчество: Крестьянишин — это буквально «чей?» — сын Крестьяниши, то есть человека, которого в быту звали уменьшительно-пренебрежительно Крестьяниша. Такая форма прозвища могла закрепиться за молодым парнем или подростком из крестьян, а позже перейти в фамилию.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть не от прямого прозвища, а от топонима. В русских говорах встречаются названия деревень вроде Крестьяниново или Крестьяниши, откуда выходец мог получить прозвание Крестьянишин. Однако отсутствие массовых записей таких селений в исторических документах делает эту гипотезу слабой. Куда правдоподобнее, что фамилия — чисто отчество, образованное в северных или центральных губерниях России, где суффикс -ишин был продуктивен.

Интересная деталь: фамилия Крестьянишина, в отличие от более распространённой Крестьянинов, сохраняет архаичную словообразовательную модель. В XVIII–XIX веках, когда многие крестьяне получали фамилии по сословной принадлежности, чаще использовали суффикс -ов: Крестьянинов. Вариант на -ишин говорит о том, что предок носителя фамилии был назван по отцу, а не по роду занятий напрямую. Социальный контекст здесь тоже необычен: фамилия не «барская» и не «духовная», а сугубо крестьянская, что для русской ономастики редкость — обычно фамилии «крестьянских» корней возникали позже, в XIX веке, при переписях, а здесь мы видим более раннюю патронимическую форму.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, сосредоточены в нескольких регионах, где сохранились старые крестьянские роды. Точных данных о численности нет, но можно предположить, что это потомки однодворцев или государственных крестьян из центральной России.