Фамилия Криштофоров — один из тех редких случаев, когда написание напрямую выдает западнорусское или украинско-белорусское происхождение. Основа здесь — имя Криштофор, народная форма канонического имени Христофор. В православных святцах имя писалось через «Х», а через «Кр» его произносили и записывали в тех регионах, где сказывалось польское или литовское влияние: в Великом княжестве Литовском, на землях современной Беларуси и западной Украины. Фамилию образовали по стандартной восточнославянской модели с патронимическим суффиксом -ов: Криштофоров буквально значит «сын Криштофора».

Само имя Христофор (греч. Christophoros — «несущий Христа») в народе переосмыслили и сократили. На западе славянского мира оно дало варианты Криштоф, Крыштоф, Кшиштоф. Фамилия Криштофоров — это именно «великорусская» обработка такого западного варианта: русский суффикс -ов приставили к неправославной по происхождению основе. Интересно, что в старых документах эта фамилия могла писаться и через «Х» — Хриштофоров, и даже через «Кры» — Крыштофоров, в зависимости от местного говора и грамотности писаря.

Носитель такой фамилии в прошлом — почти наверняка выходец из семьи, где предка звали Криштофором. Это не княжеский род и не фамилия духовенства (священники обычно брали фамилии от церковных форм имени). Скорее всего, Криштофоровы — потомки крестьян, мещан или однодворцев из западных губерний Российской империи: Могилёвской, Витебской, Гродненской, а также из Малороссии. Фамилия довольно редкая, и в XIX веке её могли носить люди, чей предок получил имя в честь святого, но в местном, «латинизированном» произношении. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Криштофоров сразу выдаёт конкретную историко-географическую точку — зону культурного пограничья между православием и католичеством.