Фамилия Кристаленко — редкий случай, когда основа не уводит в глубину веков, а остаётся на поверхности. Её ядро — слово «кристалл». В украинской модели фамилий, к которой принадлежит Кристаленко, суффикс -енко указывает на происхождение от отца или предка: буквально «маленький Кристал», «сын Кристала». Но в отличие от фамилий вроде Петренко или Иваненко, здесь прозвище Кристал — не христианское имя, а искусственное, позднее образование.

Скорее всего, Кристаленко — фамилия семинарская или искусственная. В XVIII–XIX веках, когда духовные академии и семинарии массово присваивали фамилии ученикам, нередко брали за основу благозвучные, «высокие» понятия: Алмазов, Бриллиантов, Златоверхов. Кристалл — символ чистоты, света, драгоценности. Такую фамилию могли дать сыну священника или самому семинаристу, чтобы отличить его от однокурсников с бытовыми прозвищами. Альтернативная версия — прозвище Кристал мог получить человек с кристально чистым голосом или безупречной репутацией, но это менее вероятно: подобные прозвища редко закреплялись без книжной традиции.

Географически фамилия тяготеет к Украине и югу России. Суффикс -енко — один из самых характерных для украинской ономастики, особенно для левобережной и центральной Украины. Встречается она редко, что неудивительно: искусственные фамилии отвлечённых понятий в массе своей не дали такого числа носителей, как патронимы от крестильных имён.

Интересно, что в русском языке слово «кристалл» имеет вариант «кристал» (без двойной «л»), и фамилия Кристаленко закрепилась именно в таком написании. Если бы фамилия была образована от названия минерала, её бы писали через «лл» — Кристалленко, но этого не произошло. Это лишний раз подтверждает: перед нами не ремесленная фамилия (огранщик камней), а книжная, «кабинетная» конструкция. Предки носителей фамилии, скорее всего, не имели дела с кристаллами — они учились в духовных училищах и получали фамилии, которые звучали красиво и возвышенно.