Фамилия Кристаллинский звучит так, словно её носитель — герой романа XIX века или, по крайней мере, потомственный дворянин. Однако за красивым и прозрачным корнем «кристалл» скрывается не столько драгоценность, сколько ироничное прозвище или книжное, искусственное происхождение.

С точки зрения словообразования, это типичная фамилия на -ский. Такие фамилии в России чаще всего указывали на географическое происхождение (по названию поместья, города или села) либо принадлежали духовенству. В случае с Кристаллинским второй вариант — самый вероятный. Семинаристы, получая фамилию при поступлении в духовное училище, нередко брали звучные, «благородные» или символические прозвания. Кристаллинский мог быть образован от латинского crystallinus — «кристальный, прозрачный, чистый». Для будущего священника это — намёк на чистоту помыслов или на прозрачность души, что вполне в духе семинарского «производства» фамилий.

Вторая версия — прозвищная, более приземлённая. В некоторых говорах «кристалл» (или в искажённом народном произношении «хрусталь») могло относиться к человеку с очень звонким, чистым голосом либо, наоборот, к тому, кто был хрупок, «стеклянен» — обидчив или болезнен. Но эта версия слабее: прозвища на -инский для крестьянской среды нехарактерны, они остались бы в форме Кристаллов или Хрусталёв.

В географическом плане фамилия редкая. Если бы она происходила от названия населённого пункта, то в России должны были бы существовать Кристаллино или Кристаллинка. Таких топонимов нет. Это ещё один аргумент в пользу семинарского происхождения: фамилию не унаследовали от места, а придумали за письменным столом.

Интересно, что фамилия сохранила двойную «л» — crystallus в латыни писался с удвоенной согласной. В бытовом русском языке слово «кристалл» пишется с одной «л», так что написание Кристаллинский выдает книжное, грамотное происхождение. Скорее всего, предок-семинарист знал латынь и сознательно сохранил орфографию оригинала.