Фамилия Кроча — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это указывает на её возможное украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где такие «голые» фамилии встречаются чаще. Основа — слово «кроча» или «кроч», которое в диалектах имело несколько значений.

Самая прямая версия отсылает к глаголу «крочить» — шагать, переступать, делать широкие шаги. В этом случае Кроча — прозвище человека с размашистой походкой, скорохода или того, кто «крочит» (перебирает ногами) особенно быстро. В некоторых говорах «крочить» означало также «карабкаться», «лезть вверх», что могло закрепиться за ловким, цепким человеком.

Менее очевидная, но возможная версия связывает фамилию с «кроч» — старым названием крюка или багра (родственное слово «крюк»). Тогда прозвище мог получить человек, который пользовался таким инструментом: рыбак, бурлак, или просто сутулый, сгорбленный человек, напоминающий формой крюк. В пользу этой версии говорит существование фамилии Крюков, но Кроча — более архаичная, диалектная форма.

Встречается и версия о связи с польским словом kroczyć (шагать, ступать) или чешским kráčet (идти). Это не противоречит географическому бытованию фамилии: её носители встречаются в западных областях России, в Беларуси и на востоке Польши. Фамилия осталась малочисленной и не получила широкого распространения, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного локального рода, где прозвище закрепилось за основателем.