Фамилия Крошнякова — женская форма фамилии Крошняков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Крошня. Основа здесь — слово «крошня». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли большую плетёную корзину или заплечный короб, в котором носили сено, солому, а иногда и товары на продажу. Человек, делавший такие короба или постоянно носивший их — крестьянин, сенокосец, коробейник — мог получить прозвище Крошня. Потомки этого человека и стали Крошняковыми.

Версия о том, что корень связан с «крошить» или «крошка» (мелкая частица), менее правдоподобна. Слово «крошня» в значении «короб» фиксируется в словарях русских народных говоров, и это конкретное, бытовое прозвище — типичный случай для русских фамилий, образованных от названий предметов крестьянского обихода. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Крошняков буквально означает «сын Крошни».

Фамилия встречается преимущественно в регионах, где традиционно плели корзины и использовали заплечные короба — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Сибири, куда такие прозвища принесли переселенцы. Встречаются варианты написания с одной «н» — Крошаков, но это, скорее всего, результат упрощения при записи или диалектного произношения. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Крошняков — чисто прозвищная, «ремесленная» фамилия, которая прямо говорит о роде занятий или характерной особенности предка.