Фамилия Кротинея — редкая и нестандартная для русского именослова. Она не вписывается в типичные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение требует разбора по частям.

Скорее всего, перед нами фамилия искусственная или книжная. Основа «Крот» — прозвище или мирское имя, данное человеку за сходство с животным: за приземистость, привычку копаться в земле, нелюдимость или, наоборот, за хозяйственность (крот запаслив). Такие прозвища в Древней Руси давали без обиды, по внешнему признаку или поведению. Фамилии от названий животных — одни из древнейших: Кротов, Кротких, Кротенко.

Но суффикс -инея — нетипичный для русской фамилии. Он напоминает латинизированные окончания, которые в XVIII–XIX веках получали семинарские фамилии. В духовных училищах будущим священникам часто меняли «простонародные» фамилии на благозвучные греко-латинские. Так Кротов мог превратиться в Кротинея (по аналогии с фамилиями типа Сперанский — от лат. spero «надеюсь», или Кустодиев — от лат. custos «страж»). Суффикс -ея здесь мог возникнуть из греческого окончания -εία, которое использовалось для образования отвлечённых понятий или названий качеств.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия происходит от топонима. Если существовало местечко Кротинея (например, в западных губерниях), то выходец оттуда мог получить прозвище «кротинея», а затем и фамилию. Но географических названий с таким корнем в доступных источниках не зафиксировано.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: фамилия Кротинея — это облагороженная форма от простого прозвища Крот, созданная в семинарской или канцелярской среде. Предки носителя этой фамилии, вероятно, были либо выходцами из духовного сословия, либо людьми, получившими фамилию по прозвищу, которое затем было искусственно удлинено для благозвучия.