Фамилия Кротенко — один из примеров того, как прозвище, данное за характерную черту или привычку, закрепилось в роду. Основа здесь — прозвище Крот. В народе его могли дать по двум основным причинам: либо за слабое зрение (тут аналогия с образом жизни крота), либо за хозяйственность и запасливость, ведь крот — зверёк домовитый, постоянно обустраивающий свои ходы и запасающий корм. Какая из версий точнее — сказать трудно, обе имеют право на жизнь.

Решающую подсказку о происхождении даёт суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс — классический маркер фамилий, образованных по схеме «чей?»: Кротенко буквально означает «маленький Крот» или «сын Крота». Такие фамилии особенно массово закрепились в Левобережной и Центральной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Киевщина) в XVII–XVIII веках. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, модель на -енко не указывала на принадлежность барину или вотчине, а была чисто семейным обозначением.

Интересно, что в отличие от более поздних искусственных фамилий, Кротенко — типичная «прозвищная» фамилия, возникшая в крестьянской среде. Она не связана с дворянскими родами или духовенством, а отражает живой язык и бытовую наблюдательность. Встречается она и сейчас, но сосредоточена в основном на востоке Украины и в прилегающих областях России, куда переселялись украинские крестьяне.