Фамилия Крот относится к древнейшему пласту русских прозвищных фамилий. В её основе — прямое или переносное значение слова «крот». Чаще всего Кротом называли домовитого, запасливого крестьянина: этот зверёк в народном сознании ассоциировался с хозяйственностью и трудолюбием, с постоянной работой по дому и в поле. Однако у прозвища был и второй, бытовой смысл — так могли прозвать человека со слабым зрением, по аналогии с подслеповатым подземным жителем. В говорах слово закреплялось и за нелюдимым, замкнутым человеком, который «как крот» избегает людей.

Словообразовательная модель здесь простейшая: фамилия представляет собой чистое прозвище без суффикса. Это так называемые «неоформленные» фамилии, которые закрепились в документах в исходной форме без добавления -ов/-ев или -ин. Такая модель особенно характерна для украинской и белорусской традиции, а также для южнорусских регионов, где было принято записывать человека просто по прозвищу. Поэтому фамилия Крот распространена не только в центральной России, но и на Украине, в Белоруссии и в казачьих областях.

В отличие от фамилий Кротов (патронимической, то есть «сын Крота») и Кроткин (от уменьшительной формы), форма Крот сохранила прозвище в первозданном виде. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно под этим именем-характеристикой, и его потомков стали записывать так же, без изменений.