Фамилия Кротинов — одна из тех, что образована от прозвища, которое дали человеку не по роду занятий, а по внешней или поведенческой черте. В основе лежит слово «крот». Прозвище Крот на Руси могли дать по разным причинам: за невысокий рост, за привычку копаться в земле (например, огородник или землекоп), за подслеповатость (крот считается почти слепым зверьком) или за замкнутый, нелюдимый характер — «живет как крот». В любом случае, прозвище было образным и наглядным, поэтому и закрепилось.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Крот» добавили суффикс -ин-, а затем окончание -ов. В русской ономастике суффикс -ин- чаще указывает на принадлежность к матери или жене (например, Марьин), но в фамилиях от прозвищ он нередко выполняет чисто словообразовательную роль, присоединяясь к основам на -а или -о. Получается Кротин, а затем, по аналогии с массой фамилий на -ов, к ней приросло окончание -ов, давшее современную форму Кротинов. Встречаются и более простые варианты: Кротов, Кротин — они тоже широко распространены, но Кротинов звучит как производное от уже существовавшей фамилии или отчества.

Интересно, что фамилия Кротинов не относится к числу частых. В дореволюционной России она фиксируется в основном в центральных и южных губерниях, особенно в Тульской и Рязанской областях — местах с развитым огородничеством и земледелием. Там прозвище Крот могло закрепиться за крестьянином, который славился умением работать с землей, или же за охотником на кротов, чей мех использовался для шапок. Дворянских родов с такой фамилией не известно: это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждается и отсутствием записи в «Общем гербовнике».

Если сравнивать с однокоренными, то Кротов — самая распространенная форма, Кротин — более редкая, а Кротинов — еще реже. Скорее всего, Кротиновы — это потомки человека по имени или прозвищу Крот, чей сын или внук получил фамилию с двойным суффиксом, чтобы отличаться от многочисленных однофамильцев в деревне. Таким образом, фамилия Кротинов — это не просто «сын Крота», а «внук Крота» или «из рода Кротиных».