Фамилия Кротенок образована по редкой для русских фамилий модели — с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ёнок. В восточнославянской традиции этот суффикс обычно указывал на «маленького» или «детёныша»: телёнок, волчонок. В фамилиях он закрепился за потомком: Кротенок — это буквально «сын Крота» или «маленький Крот». Такая форма встречается в основном в украинских, белорусских и южнорусских говорах, что сразу сужает регион вероятного происхождения фамилии.

Основа фамилии — прозвище Крот. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» зафиксированы ранние примеры: крестьянин Крот (1545 год, Новгород) и псковский посадник Яков Иванович Кротов (1461 год). Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство с животным — например, за невысокий рост, привычку копаться в земле или даже за ночной образ жизни. Но возможна и другая версия: в псковских и новгородских землях «кротом» иногда называли скупого или скрытного человека.

Сравнение с родственными фамилиями подтверждает словообразовательную логику. Кротов — самая массовая форма, означающая «принадлежащий Кроту». Кротенок же — более поздняя и локальная модель, подчёркивающая родство по прямой линии: не просто «из семьи Крота», а именно «его сын, отпрыск». Встречаются и варианты Кротенко (с украинским суффиксом -енко) и Кротёнок (с буквой ё, меняющей ударение).

Социальный состав носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилии на -ёнок редко встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ов/-ев или -ский. Зато в среде свободных крестьян и казаков (особенно на Слобожанщине и в Черниговской губернии) такие фамилии были обычным делом.

Если коротко: Кротенок — это «сын Крота», где Крот — древнее новгородско-псковское прозвище, данное по внешности или характеру. Фамилия редкая, с яркой региональной окраской и прозрачной внутренней формой.