Скорее всего, прозвище Крот происходит от слова «крот». Веселовского упоминаются родственные прозвища и фамилии: Крот, крестьянин, 1545 г., Новгород; Яков Иванович Кротов, псковский посадник, 1461 г. Так и прозвище Крот закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кротенок. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Крот, со временем получил фамилию Кротенок.