Фамилия Кротюк — один из тех случаев, когда на первый взгляд очевидная основа может скрывать неожиданный поворот. Самое прямое объяснение: перед нами производное от прилагательного кроткий. Прозвище Кроткий давали человеку застенчивому, тихому, скромному. В народе кротость ценили: «Ищи кротости, чтоб не дойти до пропасти», — говорили в старину. Суффикс -юк в этом случае работает как уменьшительно-ласкательный или «сыновий» (сравните: Иван → Иванюк), то есть фамилия буквально означает «маленький Кроткий» или «сын Кроткого».

Однако не всё так однозначно. Украинский суффикс -юк (а фамилия явно западнорусского или украинского ареала) мог присоединиться и к основе крот- в значении «крот». Прозвище Крот давали либо человеку со слабым зрением (по аналогии с подслеповатым зверьком), либо, наоборот, хозяйственному и запасливому, как крот. В этом случае изначально фамилия звучала бы как Кротюк — «сын Крота». Подобные «звериные» прозвища в XV–XVII веках были обычным делом и не несли оскорбительного смысла, а часто становились мирскими именами.

Какая версия правдоподобнее? Склоняемся к первой. Дело в том, что фамилии от прилагательных с суффиксом -юк (типа Добрюк, Малютюк) встречаются реже, чем от существительных, но именно они точнее передают характер человека. Прозвище Кроткий — не ремесло и не внешность, а черта личности, и суффикс -юк здесь добавляет оттенок уменьшительности или принадлежности: «внук того самого Кроткого».

В написании фамилии возможна путаница: на слух Кротюк и Кротюк (с ударением на последний слог) звучат одинаково, но в документах XIX века могли фиксировать и Кротюк, и Кротюк. Устойчивое написание закрепилось уже в советских паспортах.

С географией фамилия тяготеет к западным областям Украины: Волынь, Подолье, Галичина. В России встречается редко, преимущественно среди потомков переселенцев. Однокоренные варианты — Кротов, Кротенко, Кроткий — разошлись по разным регионам и словообразовательным моделям, но корень у всех один: либо «крот», либо «кроткий».