Фамилия Кротина относится к числу русских фамилий, образованных от прозвищ через притяжательный суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Кротина — «дочь (или жена) Кроты». Основа здесь — прозвище Крота, в основе которого лежит название животного — крот.

Прозвище Крота могли дать человеку по разным причинам. Самое прямое объяснение — внешнее сходство или особенность поведения: невысокий, коренастый человек, который, как крот, «роется» в земле, работает в поле или огороде. Возможен и переносный смысл: так могли назвать скрытного, нелюдимого человека, ведущего «подземный» образ жизни. В некоторых говорах слово «крот» имело и другие значения, например, так называли скупого или прижимистого человека.

Интересно, что в русской ономастике фамилии на -ин чаще образовывались от основ на -а/-я, поэтому Кротина — закономерная форма от мужского прозвища Крота. Встречается и мужской вариант — Кротин, но женская форма нередко сохраняется в документах как исходная, если родословная велась по материнской линии или если носительницей была женщина.

Фамилия относительно редкая. По данным переписей, наибольшая концентрация носителей фиксируется в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает «земледельческую» версию происхождения: в нечернозёмной полосе, где земля тяжёлая для обработки, прозвище Крота могло закрепиться за крестьянином, много работающим на поле.

В отличие от фамилий Кротов или Крот, Кротина сохранила более архаичную словообразовательную модель. Если Кротов — это типичная патронимическая фамилия на -ов (чей сын?), то Кротина может указывать на более тесную семейную связь, возможно, на прозвище, данное по матери или по жене. Впрочем, в большинстве случаев это просто вариант той же самой модели, закрепившийся в конкретной семье.

Других версий, например, связи с диалектным словом «кротина» (яма, нора), немного. Такое значение встречается в некоторых говорах, но маловероятно, что фамилия произошла напрямую от названия ямы — скорее это вторичное сближение с уже существующим прозвищем.