Фамилия Кротко — редкий образец, где прозвище перешло в наследственное имя не через привычные суффиксы -ов или -ин, а с помощью уменьшительно-ласкательного окончания -ко, характерного для юго-западных земель, в первую очередь Украины и Беларуси. Такая модель образования означает «маленький Крот» или «сын Крота», причём суффикс здесь не просто указывает на родство, а закрепляет прозвище как фамилию, минуя стадию отчества.

Основа фамилии — прозвище Крот. В народной традиции его толкование двойственное. С одной стороны, от названия зверька: по древнему славянскому поверью, Бог ослепил крота за то, что тот копал землю на Благовещение. Человека могли прозвать Кротом за схожесть с этим неутомимым, но подслеповатым существом — например, за приземистость, невысокий рост или любовь копаться в земле. С другой стороны, возможно, что прозвище восходит к прилагательному «кроткий»: в таком случае Кротом называли человека застенчивого, скромного, тихого нравом. Обе версии имеют право на существование, но первая, зооморфная, встречается в прозвищах чаще — древнерусская ономастика знает немало примеров, когда людей именовали по повадкам животных.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, где прозвище отца превращалось в фамилию через притяжательное прилагательное, Кротко сохранило исходную форму прозвища почти без изменений. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где модель на -ко была продуктивной — скорее всего, на территории современной Украины. Подтверждение находим в документах начала XX века: Кротко Мичеслав Яковлевич, 1909 года рождения, уроженец Варшавы, проживал во Львовской области. Эта запись закрепляет за фамилией западный ареал бытования.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кротов, Крот, Кротенко — показывает, что Кротко занимает промежуточное положение: оно менее распространено, чем Кротов, но более конкретно указывает на географию носителей. Если Кротов мог появиться в любом регионе России, то Кротко — маркер украинской или польско-украинской языковой среды. В польском языке суффикс -ko также используется для образования фамилий, так что вариант Кротко мог возникнуть и на землях бывшей Речи Посполитой.