Фамилия Кроткова образована от прозвища Кроткий. В основе — прилагательное, описывающее характер. Кротким в старину называли человека застенчивого, стеснительного, очень скромного. В народном сознании кротость считалась достоинством, о чем говорят пословицы: «Ищи кротости, чтоб не дойти до пропасти», «Тиха вода, да от нее подтоп живет». Интересно, что прозвище Кроткий могло быть и ироничным — давали его и человеку с виду смирному, но себе на уме, как в поговорке про «кроткого голубка, ни мухам ворог».

По фамильной модели Кроткова — типичная русская фамилия на -ов, но с женским окончанием. В документах XIX — начала XX века такая форма нередко закреплялась за женщинами или детьми в записях, где фамилию давали по отцу: «дочь Кроткого» — Кроткова. Мужской вариант — Кротков.

Встречается фамилия преимущественно в центральных регионах России, особенно в бывших Тульской, Рязанской и Калужской губерниях — там, где слово «кроткий» в значении «тихий, смирный» бытовало особенно часто. Встречаются и однокоренные фамилии: Кротков, Кротких, Кротко́вский — последняя могла возникнуть под влиянием польской или украинской традиции.

В редких случаях основой могло стать не прозвище, а мирское имя Кротко — так называли ребёнка, желая ему покладистого нрава. Но для фамилии Кроткова эта версия менее вероятна: суффикс -ов указывает на притяжательность от отчества или прозвища, а не от имени.