Фамилия Крупиков образована от прозвища Крупик. Основа здесь — слово «крупа», а суффикс -ик указывает на уменьшительность или на принадлежность к чему-то мелкому, сыпучему. В русской ономастике такой суффикс часто давал прозвища по роду занятий или внешности: Крупиком могли назвать либо того, кто торговал крупой, либо человека мелкого телосложения, «как крупинка». В отличие от фамилии Крупин, где суффикс -ин указывает на прямую принадлежность («чей?» — Крупин сын), модель на -ик + -ов — это более редкий путь. Сначала возникло прозвище Крупик, а потом к нему добавили патронимический суффикс -ов, то есть «сын Крупика». Такая цепочка встречается реже, чем прямая от имени или профессии, и это делает фамилию Крупиков не такой массовой, как, скажем, Кузнецов или Мельников.

Версия о происхождении от слова «круп» (круп лошади) маловероятна: в прозвищах по частям тела чаще использовали другие суффиксы, а «крупик» в этом значении не зафиксирован в говорах. Зато в северных и вологодских диалектах «крупик» могли называть мелкий дождь или снежную крупу — это могло стать прозвищем человека с непостоянным, «сыпучим» характером. Однако самая прочная версия — ремесленная: предок Крупиковых мог быть крупяником, то есть человеком, который обдирал зерно на крупу или продавал её. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются «крупеники» — мастера по изготовлению крупы, и их потомки нередко получали фамилии с корнем «круп».

Географически фамилия Крупиков встречается в основном в центральных и поволжских областях России, особенно в Нижегородской и Костромской губерниях, где было развито мукомольное дело. В XIX веке носители фамилии записаны как крестьяне и мещане, реже — купцы. Сословной исключительности у Крупиковых не было: это фамилия людей, чьи предки занимались понятным и нужным делом — кормили людей кашей.