Фамилия Крупинкина — женская форма фамилии Крупинкин, и её происхождение стоит разбирать именно через мужской вариант. В основе лежит слово «крупинка» — уменьшительное от «крупа». Казалось бы, всё прозрачно: предка могли прозвать Крупинкой за мелкое телосложение или за то, что он торговал крупой. Но здесь интереснее суффикс.

Фамилия образована по продуктивной русской модели: основа «крупинк-» плюс суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Крупинкин, то есть сын или потомок Крупинки. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда прозвище на -ка легко превращалось в фамилию на -ин: Козьма → Козьмин, Крупинка → Крупинкин.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «крупинка» в значении «маленькая частица, кроха». В этом случае прозвище могли дать человеку скупому или, наоборот, дотошному, скрупулёзному. Однако первая версия — ремесленная или бытовая — правдоподобнее: в русских говорах «крупа» часто переходила в прозвище торговца или того, кто выращивал гречиху.

Фамилия Крупинкина — не из самых частых. Встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где было развито земледелие и, соответственно, торговля крупой. В документах XIX века её носители — чаще всего крестьяне или мещане, без дворянского корня. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят подобные фамилии к разряду «прозвищных», возникших от бытовых реалий, без связи с каноническими именами.