Фамилия Крупинкин — хороший пример того, как в русском именослове работают сразу два словообразовательных механизма: уменьшительно-ласкательный суффикс и притяжательное окончание. Разберём её по косточкам, и тогда станет понятно, кем мог быть ваш предок.

Основа фамилии — слово «крупа» или, точнее, его производное. Но не спешите записывать предка в торговцы крупой. Скорее всего, в основе лежит не сама крупа, а прозвище Крупинка. Так в старину могли назвать невысокого, мелкого человека — «маленький, как крупинка». Прозвище было точным и обидным, но в фамилии оно закрепилось. От Крупинки с помощью суффикса -ин образовалась фамилия Крупинкин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Крупинкин, то есть сын Крупинки. Двойной суффикс (-ин + -к-ин) встречается реже, чем простой -ин, и это одна из особенностей фамилии, которая выделяет её среди однокоренных.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — что прозвище Крупинка дали не за рост, а за профессию. В некоторых говорах «крупинкой» называли работника на крупорушке, того, кто дробил зерно. Но эта версия слабее: прозвища по занятию обычно образовывались напрямую от названия ремесла (например, Мельник, Круподер), а не от уменьшительной формы.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель с суффиксом -ин и предшествующей уменьшительной основой описана как типичная для северных и центральных областей России. Крупинкины, скорее всего, родом оттуда, где прозвища на -ка были особенно распространены.

Таким образом, ваш предок по мужской линии — человек, которого в округе звали Крупинкой, вероятно, за невысокий рост или щуплое телосложение. Фамилия не из самых частых, но и не уникальная: в современных базах данных встречается порядка нескольких сотен носителей, в основном в Поволжье и на Урале. Однокоренные фамилии — Крупин, Крупкин, Крупинов — образованы от той же основы, но по другой модели.