Фамилия Крупенкин образована от прозвища или имени Крупенка. Основа «круп-» в русских говорах многозначна: это и «крупа» (мелко дробленое зерно), и «крупный» (большой, рослый), и даже «круп» — часть спины лошади. Сама модель с суффиксом -енк(а) типична для восточнославянских, особенно украинских и белорусских, прозвищ: Крупенко, Коваленко, Бондаренко. В русскую фамилию такой вариант вошёл через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: Крупенкин буквально значит «сын Крупенки», «из рода Крупенко».

Что стояло за прозвищем — вопрос открытый. Самая прямая версия: предок торговал крупой, молол её или хранил. Крупа была ходовым товаром, и прозвище Крупа, Крупка, Крупеня встречается в писцовых книгах XVI–XVII веков. Но не менее вероятно, что Крупенкой прозвали крупного, плотного человека — в диалектах «крупеня» означало «увалень, здоровяк». Третья, более редкая возможность: прозвище по месту жительства, например, на реке Крупенке (такие гидронимы есть в бассейне Днепра).

Фамилия Крупенкин — не из самых частых, но встречается в нескольких регионах. По данным современных справочников, наибольшая концентрация носителей — в бывших южнорусских губерниях (Курская, Воронежская, Тамбовская) и на Украине. Это косвенно подтверждает украинскую природу исходной формы Крупенко. В XIX веке фамилия могла писаться через «о» — Крупонкин, но вариант с «е» закрепился как литературный.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к «крупному» в смысле «знатный» или «богатый»: в крестьянской среде такие прозвища давали по внешности или занятию, а не по сословному статусу. Носитель фамилии Крупенкин с высокой вероятностью происходит из среды свободных земледельцев или ремесленников, а не дворянства.