Фамилия Крусенков — редкий случай, когда разбор упирается не столько в корень, сколько в суффикс. Если бы фамилия оканчивалась на -ов, мы бы искали прозвище Крус или Крусень. Но здесь -енков, и это ключ к версии.

Модель образования проста: основа Крусен + суффикс -ов. Суффикс -енко в украинской и южнорусской традиции означает «маленький» или «сын». Выходит, Крусенков — это русифицированная форма фамилии Крусенко. Её носитель — потомок человека, которого в малороссийской среде звали Крусенко, то есть «сын Круса» или «маленький Крус». А вот откуда взялся сам Крус — вопрос открытый.

Самая прямая версия — от прозвища Крус. В южнорусских и украинских говорах «крус» могло означать «крутой», «резкий» человек, либо того, кто «крутится», суетится. Сравните с диалектным глаголом «крусить» — капризничать, упрямиться. Второй вариант — фонетическое искажение: фамилия могла пойти от имени Круз или Крус, которое в польской и белорусской традиции иногда давали как сокращение от Андрей Крест (от лат. crux — крест). Но это уже область догадок.

Географически Крусенковы тяготеют к югу России и бывшим малороссийским губерниям — Курской, Орловской, Воронежской. Там фамилии на -енков встречаются часто, как адаптация украинских -енко. В сословном плане предки, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — переход от прозвища к фамилии у них закрепился именно в таком виде.

Похожие фамилии — Крусанов, Крусиков, Крусевич — подсказывают, что корень был живуч, но не слишком распространён. Крусенков остаётся фамилией локальной, с чёткой южнорусской привязкой. Её обладателю стоит искать корни в документах XIX века по Курской или Воронежской губернии — там, где Крусенко превратилось в Крусенкова.