Фамилия Крысан происходит от имени, а не от животного. В её основе лежит мужское имя Крысан — просторечная, народная форма двух канонических имён: греческого Хрисанф (что означает «златоцветный») и латинского Крискент («растущий»). Имя Хрисанф к началу XX века практически вышло из обихода, а его сокращённый вариант Крысан со временем переосмыслился: звуковое совпадение со словом «крыса» изменило восприятие фамилии, сделав её «понятной», но исказив изначальный смысл.

Суффикс фамилии — нулевой, она образована без дополнительных формантов (как, например, и фамилии Грибан, Иван). Это указывает на то, что имя Крысан стало прозвищем или семейным именем напрямую. Менее убедительна версия, что фамилия пошла от мирского имени Крыса. В народной традиции крыса — животное нечистое, поэтому такое имя могли давать с охранительной целью: чтобы отвести от ребёнка зло, назвав тем, что не представляет ценности. Однако эта гипотеза слабее, так как в документах и словарях имя Крыса встречается редко, а имя Крысан фиксируется как устойчивая форма крестильных имён.

Таким образом, предки носителей фамилии Крысан, скорее всего, были людьми, носившими церковное имя Хрисанф или Крискент, которое в быту сократилось до Крысана. Фамилия закрепилась за потомками без дополнительных суффиксов, что характерно для прозвищного типа русских фамилий, особенно в южнорусских и украинских говорах.