Фамилия Крысаева — женская форма от Крысаев, а тот, скорее всего, образован от прозвища Крысай. В русских фамилиях суффикс -ай встречается реже, чем стандартные -ов или -ин, и указывает на прозвищное происхождение: так называли человека по характерному признаку, поведению или внешности. Основа «крыс-» здесь очевидна, но не спешите думать, что предка дразнили за сходство с грызуном.

Вероятнее, что Крысай — это вариант прозвища Крыса, которое в русских говорах имело не только прямое, но и переносное значение. В некоторых регионах «крысой» называли скрягу, прижимистого человека, а в других — суетливого, юркого, постоянно занятого. Есть и версия, что прозвище могло быть ироничным: так могли окрестить человека маленького роста или с острыми чертами лица. Учитывая, что фамилия встречается в Поволжье и на юге России, нельзя исключать и тюркское влияние: в ряде тюркских языков «крыс» или близкие звучания означают «красный» или «рыжий» — тогда прозвище могло относиться к цвету волос.

Суффикс -ев в окончании указывает на принадлежность: Крысаев буквально значит «сын Крысая». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -ай: Болтай, Шутай, Лепетай — все они давали фамилии на -ев. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались у крестьян и посадских людей, так что предки Крысаевых, скорее всего, были из непривилегированных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не известно.

Если сравнивать с однокоренными, то Крысаев стоит в одном ряду с Крысиным и Крысовым. Но Крысаев выделяется редкостью суффикса — это не повседневная фамилия, а скорее локальная, бытовавшая в конкретной местности. Сегодня её носители рассеяны по России, но наибольшая концентрация, по данным телефонных справочников и архивов, приходится на Ульяновскую и Самарскую области. Там же встречаются варианты написания через «о» — Крысаев, но это, скорее всего, диалектное произношение, а не отдельная фамилия.