Основой фамилии Крысяков послужило мирское имя Крысяк. Фамилия Крысяков не имеет никакого отношения к крысам. В её основе лежит имя Крысяк – просторечная форма канонических мужских имён: Хрисанф (от греческого «златоцветный») или Крискент (от латинского «растущий»). К началу XX века имя Хрисанф вышло из широкого употребления, а имя Крыс (Крысяк) подверглось переосмыслению по звуковому совпадению с хорошо знакомым словом «крыса». Менее правдоподобной кажется версия, согласно которой фамилия Крысяков образована от прозвища Крысяк. Крыса в народной традиции считается плохим животным, потому так могли прозвать человека, не снискавшего уважения окружающих. Возможно, что Крысяком прозвали того, что имел обыкновение «крыситься», то есть «злиться, гневаться, сердиться, не скрывая этого». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Крысяк, со временем получил фамилию Крысяков.