Фамилия Крысяков, вопреки возможным ассоциациям, не связана с грызунами. Её основа — старинное русское мирское имя Крысяк, которое, в свою очередь, является просторечной формой двух канонических имён: Хрисанф (от греческого «златоцветный») или Крискент (от латинского «растущий»). К началу XX века имя Хрисанф почти вышло из обихода, а его производная форма Крысяк из-за звукового сходства со словом «крыса» получила неверное истолкование.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную модель образования русских фамилий: так называли по отцу, то есть «сын Крысяка». Фамилия закрепилась в тех регионах, где имя Крысяк было в ходу, прежде всего в центральных и северных губерниях России, где мирские имена сохранялись дольше.

Менее правдоподобна версия о прозвищном происхождении. В народной традиции крыса — животное нечистое, поэтому Крысяком могли назвать человека, не снискавшего уважения, или того, кто имел обыкновение «крыситься» — злиться, сердиться, не скрывая раздражения. Однако эта гипотеза слабее, так как не объясняет, почему фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ов, а не, скажем, -их или -ский, что типично для прозвищ.

Таким образом, носитель фамилии Крысяков — потомок человека по имени Крысяк, которое когда-то означало «златоцветный» или «растущий», а не что-то связанное с грызунами.