Фамилия Крысяковы принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от имени собственного. Её основа — мирское имя Крысяк, которое не имеет никакого отношения к грызунам. Это просторечная форма двух канонических имён: греческого Хрисанф («златоцветный») и латинского Крискент («растущий»). К началу XX века имя Хрисанф почти вышло из обихода, а форма Крыс (Крысяк) со временем переосмыслилась по звуковому сходству со словом «крыса».

Менее убедительна версия, что фамилия произошла от прозвища. В народной традиции крыса — животное нечистое, поэтому Крысяком могли назвать человека, не пользовавшегося уважением, или того, кто имел привычку «крыситься», то есть злиться, гневаться, не скрывая раздражения. Однако исходное церковное имя — гораздо более вероятный источник, поскольку ономастика знает немало случаев, когда редкие или забытые имена переосмыслялись под влиянием обиходной лексики.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «сын Крысяка». Фамилия Крысяковы — памятник славянской письменности, сохранивший в себе следы сложных процессов народной этимологии и адаптации христианских имён. Точное место и время её возникновения определить сложно, но она явно сформировалась в среде, где имя Крысяк ещё бытовало как живое, а не как оскорбительное прозвище.