Фамилия Крыжаненко — яркий пример украинской модели фамилеобразования с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально имел значение «маленький, сын такого-то»: Крыжаненко буквально означает «сын Крыжана» или «потомок Крыжана». В XVII–XVIII веках такие фамилии активно закреплялись за казаками и крестьянами Левобережной и Слободской Украины, а позже — по всей территории, где жили украинцы.

Основа фамилии — имя или прозвище Крыжан. Оно восходит к слову «крыж» (польск. krzyż, укр. криж), которое в западнорусских и украинских говорах означало «крест». В дореволюционной России и Речи Посполитой «крыжом» называли не только распятие, но и перекрёсток, а также нательный крест. Отсюда несколько возможных путей происхождения:

1. Прозвище по внешности или профессии. Крыжаном могли назвать человека, который нёс крест во время церковной процессии, делал кресты (резчик или кузнец) или жил на перекрёстке дорог. В казацкой среде такие прозвища нередко давали по заметному признаку — например, по нательному кресту необычной формы.

2. Производное от канонического имени. В православных святцах есть имя Крест (от лат. Crux), но в народной традиции оно переосмысливалось как Крыж. Также возможна связь с именем Крискентий (лат. Crescens — «растущий»), которое в просторечии могло сократиться до Крыж.

3. Сравнение с растением. В ботанике «крыж» или «крыжовник» — колючий кустарник. Прозвище Крыжан могли дать колючему, неуживчивому человеку.

Географически фамилия Крыжаненко встречается в основном в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Кировоградской, а также в соседних регионах России (Белгородская, Курская области), куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. По сословной принадлежности предки Крыжаненко чаще всего были казаками или государственными крестьянами, реже — мещанами.

В русском языке фамилия нередко искажалась: встречаются варианты Крыжененко (с «е» вместо «а» под влиянием аканья) и Крыжанов (с заменой суффикса на русский -ов). Однако форма на -енко указывает на украинское происхождение и сохраняет связь с исходным прозвищем, которое когда-то дали предку.