Фамилия Крыжанова — женская форма фамилии Крыжанов. Её основа, в отличие от многих русских фамилий на -ов, не связана с именем или ремеслом, а восходит к польскому или украинскому слову «крыж» — крест. В польском языке krzyż означает «крест», в украинском «криж» — то же самое. Отсюда и прозвище Крыжан — человек, чем-то связанный с крестом: либо носивший нательный крест особой формы, либо живший у придорожного креста (перекрёстка), либо работавший при костёле.

Суффикс -ан(ый) в фамилиях типа Крыжанов, Дрозжанов, Шишанов — редкий и указывает на западнорусское или польское влияние. В центральной России чаще встречались бы формы Крыжов или Крыжков. Сама фамилия Крыжанов — типичный пример так называемых «польских» фамилий, которые вошли в русский обиход через шляхту, перешедшую на русскую службу после разделов Речи Посполитой в конце XVIII века.

Носители фамилии Крыжановы исторически концентрировались на территории современных Беларуси, Смоленской и Брянской областей, а также в западных губерниях Российской империи. Встречается и украинский вариант — Крижанів.

Есть и более прозаичная версия: от слова «крыж» в значении «куст крыжовника». В некоторых говорах так называли дикий крыжовник, а «крыжаном» — человека, который его собирал или разводил. Но это менее вероятно: в ономастике связь с крестом прослеживается чётче.

Фамилия недворянская, скорее мещанская или крестьянская, хотя отдельные ветви могли получить её при переходе в православие из униатства. В современных справочниках фамилия Крыжанова встречается редко, но устойчиво — её носители живут в России, Беларуси и Казахстане.