Фамилия Крыжков — одна из тех, чья основа лежит на поверхности, но требует лингвистической точности. Её ядро — слово «крыж», и именно от его значения отталкиваются все версии происхождения.

В русских говорах «крыж» — это прежде всего перекрестье, крест. Отсюда прозвище Крыж могли дать человеку с характерной чертой внешности или поведения. Например, так могли называть того, кто носил нательный крест особой формы, или, что менее очевидно, горбуна — поскольку из-за искривления позвоночника спина образует фигуру, напоминающую крест. В некоторых регионах «крыжом» называли и упрямого, «перечливого» человека, который идёт наперекор, «скрещивается» с другими. Все эти прозвища — Крыж — и легли в основу фамилии.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Крыжков — это «сын Крыжка». Форма Крыжко, в свою очередь, характерна для украинского и южнорусского ономастикона: уменьшительное «Крыжко» могло быть как ласкательным вариантом прозвища Крыж, так и самостоятельным именованием. Таким образом, фамилия Крыжков имеет явные корни в южнорусских или малороссийских землях, где суффикс -ко широко бытовал.

Менее вероятна, но не исключена связь с польским словом «krzych» (куст, кустарник) или с фамилией Кжижков (от польского «krzyż» — крест). Однако в польском языке написание через «ы» нехарактерно, поэтому версия с русским диалектным «крыж» остаётся основной.

Встречается фамилия и в форме Крыжков, и с ударением на первый слог — Крыжков. В любом случае, её носители — потомки человека, которого в своей среде выделили за внешность, характер или, возможно, за ремесло, связанное с изготовлением крестов.