Фамилия Кубашек — редкая и необычная по своему строению. В русской ономастике она стоит особняком, так как в ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Перед нами так называемая «чистая» фамилия, образованная напрямую от прозвища или имени без дополнительных формантов. Такая модель встречается в основном у украинских, белорусских и польских фамилий, а также у русских, но гораздо реже.

Основа фамилии — «кубаш» или «кубашек». Точное значение этого слова не зафиксировано в современных словарях, но есть несколько правдоподобных версий. Самая вероятная — уменьшительно-ласкательная форма от имени Куба. Куба — это народная, обиходная форма таких крестильных имён, как Яков (через Якуб) или, реже, Куприян. Суффикс -ек в прозвище Кубашек мог означать «маленький Куба» или «сын Кубы». То есть, предок мог быть сыном некоего Кубы, которого в быту звали Кубашек.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «кубас» или «кубаш». В некоторых русских говорах так называли короткую крестьянскую одежду, род безрукавки или кафтана. В этом случае прозвище Кубашек мог получить человек, который шил такую одежду, торговал ею или просто её носил. Однако эта гипотеза менее надёжна, так как слово «кубаш» в значении одежды малораспространено и не даёт типичной уменьшительной формы.

Географически фамилия Кубашек тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается она и в Польше, где могла писаться как Kubaszek. Это подтверждает версию об основе от имени Якуб (польск. Jakub), которое в быту сокращалось до Куба. Таким образом, носитель фамилии Кубашек — это потомок человека по имени Куба, скорее всего, из западнорусских или малороссийских губерний, где такие бессуффиксные фамилии были в ходу.