Фамилия Кубашин — редкий случай, когда географический и языковой следы ведут не в центр России, а скорее на восток или юг. Её основа — «кубаш» — не встречается в списке древнерусских имён или прозвищ, зато хорошо узнаваема в тюркских языках. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «куба» (светлый, бледный, седой) или «кубаш» — уменьшительная форма от него. В татарском и башкирском языках «куба» могло означать «светловолосый» или «белёсый», а «кубаш» — ласковое прозвище человека с такими приметами. Соответственно, Кубашин — «чей-то сын» или «потомок Кубаша».

Модель образования проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. В русской ономастике так образовывали фамилии от основ, оканчивающихся на -а/-я (Кубаш → Кубашин). Это типичная схема для фамилий, возникших в среде, где русский язык взаимодействовал с тюркскими языками — в Поволжье, Приуралье или среди казачества. Если бы фамилия закрепилась в чисто великорусской среде, скорее появился бы вариант Кубашов (с суффиксом -ов), но -ин — верный признак того, что исходное прозвище или имя звучало как Кубаша или Кубаш.

Есть и менее вероятная версия: связь с названием населённого пункта Кубаши (например, в Татарстане или Башкортостане). Тогда фамилия могла означать «выходец из Кубашей». Однако такие топонимические фамилии обычно оформляются суффиксом -ский (Кубашский), а -ин чаще указывает на личное прозвище.

Фамилия не относится к числу распространённых. Встречается спорадически в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Сословной привязки нет: Кубашины могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — точных данных о концентрации в одном сословии не сохранилось. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, но массовой не стала.

Таким образом, Кубашин — фамилия с тюркским корнем, адаптированная русским суффиксом. Её носитель в прошлом, скорее всего, был потомком человека по прозвищу Кубаш — светловолосого или седого.